بدأت الدراسة فى قسم الفاكهة بكلية الزراعة منذ عام 1943- أى بعد إنشاء الكلية بعام واحد- وكانت الكلية فى ذلك الوقت مازالت فى دمنهور. وتم تخريج أول دفعة من تخصص الفاكهة عام 1946 . ومنذ عام 1954 وقسم الفاكهة أحد فروع قسم الإنتاج النباتي، والذي كان يشمل فروع المحاصيل الحقلية والخضر والفاكهة والغابات. وفى عام 1970 أصبح قسم الفاكهة أحد فروع قسم البساتين والذي كان يشمل بجانب الفاكهة فرعى الزينة والخضر ثم تم فصل الفروع الثلاثة إلى أقسام مستقلة منذ عام 1993 .
ويقع قسم الفاكهة حاليا فى الدور الأرضي والدور الثالث العلوي بالمبنى الرئيسي للكلية. ويشمل الدور الأرضي المعامل الخاصة بتدريس الطلبة ومكتب المعيدون والمدرسون المساعدون، أما الدور الثالث فيضم مكاتب أعضاء هيئة التدريس ومعمل فسيولوجيا الفاكهة.ويضم قسم الفاكهة أيضا مبنى مركز تداول الحاصلات البستانية ويحتوى على ست غرف تبريد مختلفة درجات الحرارة وقاعة تدريس سعة عشرون طالبا مجهزة بأحدث الوسائل التعليمية المختلفة، بالإضافة معملين معمل تداول الثمار ومعمل علوم الفاكهة والجودة ولقسم الفاكهة مزرعة خاصة بمحطة بحوث كلية الزراعة بأبيس تبلغ مساحتها 13 فدانا منزرعة بالأنواع المختلفة من أشجار الفاكهة المتساقطة الأوراق والمستديمة الخضرة وصوبتان بلاستيك ومشتل لبعض أنواع الفاكهة.